En este texto exploramos la relación entre la superposición de extracción y conservación de recursos naturales en el parque nacional Yasuní y la forma en la que los actores locales indígenas quichua participan en conflictos por territorio. Nos interesa mostrar cómo, a través de la participación, se cuestiona el funcionamiento de un sistema de gobernanza ambiental subsumido a las políticas energéticas del país y heredero de un ordenamiento territorial que amenaza la supervivencia física y cultural de los pueblos indígenas. Se encuentra que los procesos de control territorial indígena se han visto afectados por una actuación del Estado basada en una delegación de funciones que ha privilegiado criterios ecológicos y biológicos de intervención sobre la territorialidad indígena antes que criterios de equidad, eficacia económica y legitimidad política. Además, la forma en la que los indígenas se han organizado para participar de las iniciativa de cogestión y en el sistema de gobernanza ambiental del parque, no han podido generar posiciones consistentes con sus objetivos de aumentar el control sobre las dinámicas económico-políticas que afectan su territorio.