La pandemia del Coronavirus, generada a partir del llamado SARS CoV-2 desató una crisis sanitaria a nivel mundial, siendo actualmente Latinoamérica el epicentro de las afectaciones. Si bien en varios países de la región las ciudades más pobladas son aquellas que concentran los mayores casos de contagio y fallecimiento, las situaciones que enfrenta la cuenca amazónica, principalmente en Brasil, Perú, Colombia y Ecuador son muy preocupantes. En este artículo nos enfocamos en la Amazonía ecuatoriana, con el encuadre de las cifras de la pandemia, los casos de contagio en pueblos y nacionalidades indígenas, las vulnerabilidades, y el olvido del Estado en garantizar acceso a salud, a prevención y gestión de la pandemia con atención a las especificidades de los contextos geográficos y culturales. Finalmente presentamos las acciones realizadas por las organizaciones indígenas para enfrenar el coronavirus. Para este artículo se ha efectuado revisión de prensa, de pronunciamientos de organizaciones desplegados en redes sociales y hemos recurrido a comunicaciones personales con dirigencias. Lo consideramos un artículo de coyuntura, que intenta describir las situaciones que han emergido con la pandemia, en los meses siguientes a una investigación de campo que efectuamos en comunidades kichwa y waorani en la temática sobre multidimensionalidad de los territorios indígenas en contextos extractivos y climáticos en la provincia de Pastaza.