Se analiza la historia de la biorremediación de suelos contaminados con petróleo en la Amazonía ecuatoriana desde 1994 hasta 2014. Constatamos que si bien hubo “éxitos” tecnocientíficos, la oportunidad de cimentar un proceso de excelencia científica se vio frustrada por la carencia de voluntad política para gestionar la investigación. Parecen haber influido la dependencia de tecnología extranjera, la poca articulación interna entre programas de investigación e instituciones, la corrupción, la poca tradición innovadora en la biotecnología nacional, el predominio de biobraceros y una dicotomía construida entre petróleo y ambiente. Se articulan estos resultados en torno a debates sobre ciencia y tecnología en la periferia y se reflexiona sobre aspectos necesarios para consolidar procesos tecnocientíficos de excelencia en estos territorios.